En s’appuyant sur les études menées dans le cadre de l’élaboration du SAGE, la CLE a défini 6 priorités d’actions :
- restaurer les débits d’étiage sur la Boutonne et ses affluents
- préserver la qualité des nappes captives pour l’alimentation en eau potable
- se concentrer sur la répartition des efforts de réduction de pollution d’origines domestiques, agricoles et industrielles
- préserver et restaurer les écosystèmes aquatiques
- accompagner la régulation des écoulements en situation normale, de crues et d’étiage
- limiter les risques d’inondations sur la Boutonne amont et moyenne.

Pour fixer les orientations du SAGE, la CLE a choisi une stratégie de compromis qui s’inscrit dans l’esprit du développement durable et qui tient compte de la réalité socio-économique du territoire.

L’objectif de la CLE a été de préconiser des mesures permettant d’infléchir les tendances actuelles pour améliorer la qualité de l’ensemble des compartiments de l’environnement.